eclipse.ini に下記を追加すれば指定した user が挿入されます。

 -Duser.name="Wagahai Neko"

Mac OS の Eclipse JUNO では、ECLIPSE_HOME/Eclipse.app/Contents/MacOS/eclipse.ini です。

参考:

  • http://d.hatena.ne.jp/shuji_w6e/20120726/1343260550